1、首先腌制腐乳：豆腐坯加水煮沸后，加盐腌制，装坛加入辅料，发酵成腐乳。这种加工法的特点：豆腐坯不经发酵（无前期发酵）直接装坛，进行后发酵，依靠辅料中带入的微生物而成熟。其缺点是蛋白酶不足，后期发酵时间长，氨基酸含量低，色香味欠佳。
2、毛霉腐乳：以豆腐坯培养毛霉，称前期发酵，使白色菌丝长满豆腐坯表面，形成坚韧皮膜，积累蛋白酶，为腌制装坛后期发酵创造条件。毛霉生长要求温度较低，其最适生长温度为16℃左右，一般只能在冬季气温较低的条件下生产毛霉腐乳。传统工艺利用空气中的毛霉菌，自然接种，需培养10—15天左右（适合家庭作坊式生产）。也可培养纯种毛霉菌，人工接种，15—20℃下培养2—3天即可。
3、根霉型腐乳：采用耐高温的根霉菌，经纯菌培养，人工接种，在夏季高温季节也能生产腐乳，但根霉菌丝稀蔬，浅灰色，蛋白酶和肽酶活性低，生产的腐乳，其形状、色泽、风味及理化质量都不如毛霉腐乳。